قبور ائمه بقيع (عليهم السلام) مانند تربت رسول خدا(ص) از آغاز در مكاني سرپوشيده قرار داشت.

اين مكان سرپوشيده قبل از آن‌كه تبديل به آرامگاه امامان معصوم شيعه شود، متعلق به عقيل بن ابي طالب برادر اميرمومنان بوده است. اما به مرور زمان اين خانه به شكل مسجد در آمد. با دفن ائمه در اين مكان و به مرور زمان، بزرگترين و مرتفع‌ترين گنبد و بارگاه براي آنان بنا شد. اين مكان در قرون متمادي داراي خادم و دربان و داراي ظريف‌ترين و گران‌بهاترين ضريح و صندوق با زيباترين روپوش و داراى فرش و قنديل بود.

سال‌ها بعد عباسيان، براى حفظ قبر عباس بن عبدالمطلب (عموي پيامبر) كه خود را به او منتسب مي‌دانستند، بنايي روي آن ساختند. از آنجا كه قبر حضرت عباس در كنار قبر چهار امام و قبر فاطمه بنت اسد بود، بقعه ياد شده، بر روي همه آنها يكجا بنا شد.

قبور ائمه در طول تاريخ سه بار بازسازي شد. دو بار آن توسط خلفاي عباسي و يك بار نيز توسط يكي از پادشاهان عثماني اين كار انجام شد. اين افراد عبارتند از: «المسترشد بالله»، «المستنصر» و «سلطان محمود عثماني».

با ظهور وهابيت در شبه جزيره عربستان و تسلط آنان بر شهرهاي مكه و مدينه اين مقبره‌ها به همراه مقبره‌هاي ديگري كه بر روي قبور افراد سرشناس مدفون در بقيع ساخته شده بود، منهدم شد. حتي قبه و بارگاه منسوب به حضرت حوا در جده و محل تولد پيامبر در مكه هم از گزند و آسيب دور نماند.

تخريب قبور ائمه مظلوم بقيع در هشتم شوال سال 1344هـ.ق اتفاق افتاد.