از زندگانى وى اطلاعات چندانى در دست نيست. در کتب تاريخى از او نام برده نشده، ولى در انساب، اطلاعاتى کوتاه درباره زندگانى وى وجود دارد. در کتب اسماعيليان همراه با اشتباهات تاريخى فراوان، از او اطلاعات نه چندان صحيح موجود است. مهمترين منبع اسماعيلى در باب زندگانى او کتاب عيون الاخبار نوشته داعى اسماعيلى ادريس قرشى، متوفاى قرن دهم هجرى، است.
محمد پسر ارشد اسماعيل بود و از برادرش على چند سالى بزرگتر بود. بنابر ديدگاه اسماعيليان در زمان رحلت امام صادق(عليه السلام) وى بيست و شش سال داشته است. بنابراين بايد در حوالى سال صد و بيست هجرى به دنيا آمده باشد. با رجوع اکثريت شيعه به امام موسى کاظم(عليه السلام)، موقعيّت وى در حجاز متزلزل شد و وى حجاز را ترک کرد. گويند به سوى شرق روى آورد، ولى دقيقاً مشخص نيست که به چه مکانهايى سفر کرده است[36] . اما ابن عنبه درباره محمد بن اسماعيل مى نويسد: «عبيدلى نسابه معروف مى گويد: او امام ميمونيّه بود و قبرش در بغداد است. ابونصر بخارى نوشته است: وقتى هارون الرشيد به حجاز سفر کرد محمد بن اسماعيل در نزد هارون الرشيد سعايت امام کاظم را نمود و گفت: آيا مى دانى که در زمين، دو خليفه وجود دارد که خراج مى گيرند؟ هارون گفت: منظورت کيست؟ محمد بن اسماعيل گفت: موسى بن جعفر؛ و اسرار جمع آورى زکات و خمس امام کاظم را بيان کرد. به همين علت هارون الرشيد، امام موسى کاظم(عليه السلام) را دستگير کرده و امام را به شهادت رساند. محمد بن اسماعيل به همراه هارون به بغداد رفت و در آنجا از دنيا رفت...[37] ». ولى از ديدگاه اسماعيليه بعد از خروج محمد بن اسماعيل و سفر به مشرق لقب «المکتوم» را براى خود برگزيد و ارتباط خود را با مبارکيه حفظ کرد. بنابر عقيده اسماعيليان بعدى، اين هجرت آغاز دوره ستر در نهضت اسماعيليه قديم است، که حدود صد و پنجاه سال طول کشيد و تا تشکيل دولت فاطميان در مغرب در سال 297 هجرى قمرى ادامه داشت و با استقرار دولت فاطميان به پايان رسيد. اما بنابر ديدگاه ابن عنبه که از قدماى نسّاب خود نقل مى کند محمد بن اسماعيل تا زمان زندانى شدن امام کاظم(عليه السلام)يعنى سال 179 هجرى قمرى در مدينه بود و سپس همراه هارون الرشيد به بغداد رفت و در آنجا درگذشت[38] . تمام انساب شناسان بزرگ براى محمد بن اسماعيل فرزندانى را معرفى کرده اند. به هر حال محمد بن اسماعيل بايد بين سالهاى 180 تا 190 هجرى در بغداد از دنيا رفته باشد.[39]
منابع:
1. تاريخ و عقايد اسماعيليه، ص 121.
2. ابن عنبه، عمدة الطالب، ص 263 - 264.
3. نيز بنگريد: عبيدلى، تهذيب الانساب، ص 172؛ ابن طقطقى، الاصيلى، ص 196 - 202؛ فخر رازى، الشجرة المبارکة، ص 115 - 117؛ عمرى، المجدى، ص 99 - 102.
4. درسنامه تاريخ و عقائد اسماعيليه، مهدي فرمانيان، ص 41.
5. فرق الشيعه، ص 73؛ المقالات و الفرق، ص 84.