اين مسجد در 8 كيلومتري مدينه و در 420 كيلومتري مكّه واقع شده است. به آن منطقه «ذوالحليفه» و «آبار علي» هم مي‌گويند. پيامبر اكرم ( صلّي الله عليه وآله وسلّم ) 3 بار از آنجا محرم شد:

1.  براي عمره در سال ششم هجري.

2. عمرة القضاء در سال هفتم هجري.

3. حجّة الوداع در سال دهم هجري. 

به اين دليل كه پيامبر (صلّي الله عليه وآله وسلّ) در اين مسجد، در زير درختي استراحت نمود، آن را «مسجد شجره» ناميدند.