دوران امامت حضرت موسي بن جعفر عليه السلام از 25 شوال سال 148 ه. همزمان با شهادت پدر بزرگوارش امام صادق عليه السلام آغاز شد. در اين زمان حضرت 20 سال داشت. در آغاز امامت، حضرت با قاتل پدرش، منصور دوانيقي رو در رو بود.
وي كه از سال 136 خلافت اسلامي را پس از ابو العباس سفاح به دست گرفته بود، به دليل وصيت امام صادق عليه السلام در مورد تعيين جانشين خود و ملاحظات ديگر علنا تعرضي به امام نمي كرد.[1]
ولي در خفا سياست فشار بر حضرت را در دستور كار خويش قرار داده بود و دقيقا به همين علت بود كه امام صادق عليه السلام در وصيت خود خليفه را به عنوان يكي از جانشينان خود معرفي كرد تا از فشارهاي سياسي بر حضرت موسي بن جعفر عليه السلام حد اقل در منظر مردم كاسته شود، از اين رو وقتي منصور دوانيقي امام صادق عليه السلام را به شهادت رساند، به فرماندار مدينه محمد بن سليمان دستور داد «اگر جعفر بن محمد شخصي را جانشين خود قرار داده او را حاضر كن و گردنش را بزن » اما فرماندار در پاسخش نوشت: «جعفر بن محمد در وصيت نامه اش پنج نفر را جانشين قرار داده است. منصور دوانيقي، محمد بن سليمان (فرماندار مدينه) عبدالله بن جعفر، موسي بن جعفر و حميده.» وي آن گاه از خليفه پرسيد كدام را گردن بزنم!؟ در مقابل منصور كه آثار خشم از اين كياست امام در سيمايش هويدا بود، گفت: اين ها را نمي توان كشت.[2] وي از اين پس در صدد برآمد با شيوه هاي سياسي و... حضرت را در فشار قرار دهد از اين زمان به مدت سي و پنج سال امام موسي بن جعفر عليه السلام در منصب امامت قرار گرفت پس از مرگ منصور، نوبت به خلافت مهدي بن عبدالله منصور رسيد وي كه در سال 158 به خلافت رسيد، وقت خود را عموما به حل منازعات داخلي و كشور گشايي گذراند، لذا امام اندك فرصتي براي بيان حقايق شرع و مظلوميت اهل بيت عليهم السلام يافت.
البته خليفه نيز براي در امان ماندن از خطر احتمالي از سوي امام، حضرت را مدتي زنداني كرد و چون تضمين گرفت كه بر عليه او نشورد، حضرت را آزاد كرد. تفصيل واقعه به روايت فضل بن ربيع از پدرش چنين است: وقتي مهدي، حضرت موسي بن جعفر عليه السلام را زنداني كرد، يكي از شب ها حضرت امير مؤمنان علي عليه السلام را در خواب ديد كه به او فرمود: «يا محمد فهل عسيتم ان توليتم ان تفسدوا في الارض وتقطعوا ارحامكم » آيا شما به اين اميد بوديد كه اگر ولايت يافتيد، در زمين فساد كنيد و قطع ارحام كنيد! به دنبال اين خواب، خليفه ربيع را شبانه خواست و گفت: كه موسي بن جعفر عليه السلام را نزدش حاضر كند. او اين كار را كرد و چون امام حاضر شد، خليفه دست در گردن امام انداخت و جريان خواب خود را بازگو كرد و گفت: آيا به من اطمينان مي دهي بر عليه من يا فرزندانم خروج نكني؟ ! بعد از آن كه تضمين گرفت، از ربيع خواست امام را به مدينه بازگرداند و او نيز شبانه همين كار را كرد. البته اين اعمال و فراخواندن مكرر حضرت موجبات نگراني خاندان و شيعيان حضرت را فراهم مي كرد از جمله صاحب كشف الغمه از كتاب دلايل از ابي قتاده قمي از ابي خالد زبالي نمونه اي از اين نگراني ياران را نشان مي دهد اين واقعه مربوط به زماني است كه قيام شهيد فخ سركوب شد و مهدي چون عامل تحريك را امام مي دانست قسم خورد حضرت را به شهادت برساند.
لذا حضرت را به دستور مهدي دستگير كردند تا به پايتخت ببرند و وقتي به شهر زباله رسيدند، امام از ابي خالد كه با نگراني و اندوه ايشان را نگاه مي كرد، خواست نيازهايش را برطرف كند همچنين علت غم و اندوهش را پرسيد ابي خالد گفت: چرا غمگين نباشم كه تورا نزد اين طاغي مي برند و من خيالم از اين قضيه ناراحت است. حضرت فرمود: اي ابا خالد من از او ترسي ندارم وقتي حلال ماه، روز... شد منتظر مي باشد.
ابي خالد مي گويد من كه نگران حضرت بودم، روز و شب منتظر آن لحظه بودم. تا اين كه روز موعود رسيد.
من اول شب در محلي كه به من وعده داده بود، منتظر ماندم، و چون كمي طول كشيد به وسوسه افتادم در همين لحظه سواري از طرف عراق پيش آمد و در اين بين حضرت ابو الحسن عليه السلام جلو كاروان بر قاطر خود سوار بود، مرا صدا زد و فرمود: شك مكن شيطان دوست دارد كه تورا به شك بيندازد. من از خلاصي حضرت خوشحال شدم و گفتم: «الحمد لله الذي خلصك من الطاغية ».[3] بعد از مرگ مهدي عباسي در سال 169 ه . ق هادي عباسي به خلافت رسيد. وي نيز نسبت به حضرت ساسيت خاصي داشت به گونه اي كه در صدد برآمد به حضرت آسيب برساند و نزديكان امام، او را به دوري از خليفه دعوت كردند امام در مقابل، دست به آسمان برداشت و گفت:
«الهي كم من عدو شحذ لي ظبة مديته وارهف لي شاحذه وداف لي قواتل سمومه ولم تنم عني عين حراسته فلما رايت ضعفي عن احتمال الفوادح وعجزي عن ملمات الجوائح صرفت ذلك عني بحولك وقوتك لا بحولي وقوتي والقيته في الحفيرة التي احتفرها لي. ..» اي خداي من چه دشمن هايي كه از براي كشتن من شمشير خود را تيز نمودند و دشنه خود را سوهان زدند و زهرجان گداز خود را براي هلاك من تهيه كرده و سائيدند و ديده حراست و ديدباني آن ها براي آزار من به خواب نرفت [و دائم در انديشه قتل من بودند ] وليكن چون ناتواني و ضعف مرا از تحمل اين بارهاي سنگين بلا و اين گونه گرفتاري ها ديدي و عجز مرا از دچار شدن به اين بلاهاي جانگذار مشاهده فرمودي به حول و قوه خود آن را از من رد كردي نه به حول و قوه من و دشمن مرا در گودال يا چاهي افكندي كه او آن را براي من كنده بود...» .
بعد از اين دعا، اهل بيت حضرت از نزدش خارج شدند امام اندكي بعد باز گشت تا خبر مرگ هادي را برايش قرائت كنند.[4] در هر صورت بعد از مرگ وي نوبت به خلافت هارون الرشيد رسيد.

پي نوشت: --------------------------
[1] . ابن شهرآشوب، مناقب آل ابي طالب ، ج 4 ص 349.
[2] . مجلسي، بحار الانوار، ج 47 ص 3، ابن شهرآشوب، مناقب آل ابي طالب، ص 320؛ كليني، اصول كافي، ج1، ص310 (مالي الي قتل هولا سبيل. طبرسي، اعلام الوري، ص 290) .
[3] . كليني، اصول كافي، ج1، ص477؛ مجلسي، بحار الانوار، ج48، ص151.
[4] . ابن صباغ مالكي، الفصول المهمه، ص 271.