درباره كيفيت شهادت امام سه روايت مختلف نقل شده است:
1- شهادت آن حضرت در پى مسموم كردن امام صورت گرفته است. در روايتى از امام رضا عليه السّلام آمده است كه پدرشان با سم به شهادت رسيده است. همچنين در روايات ديگرى كه يحيى بن خالد را به قتل آن حضرت متهم مى ‏كند آمده است كه آن حضرت با سم به شهادت رسيدند.
2- در نقلى آمده است كه آن حضرت را در فرشى پيچانده و چنان فشار داده ‏اند كه حضرت به شهادت رسيد.[1]
3- در گزارش يكي از مورخين به نام «مستوفي» درباره نحوه شهادت آن حضرت آمده است: شيعه گويند به فرمان هارون الرشيد سرب گداخته در حلق او ريختند.[2]
در اين ميان روايتى كه بيش از همه شهرت دارد، مسموم ساختن امام است.
پس از شهادت امام، جسد مبارك آن حضرت را به دو دليل در معرض ديد خواص اهل بغداد و عموم مردم قرار دادند:
الف: بنا به نوشته اربلى، سندى بن شاهك، فقها و وجوه اهل بغداد را كه هيثم بن عدى نيز در ميان آنها ديده مى ‏شد، بر سر جسد مبارك امام آورد تا ببينند زخم و جراحت و يا آثار خفگى در بدن آن حضرت وجود ندارد و به مرگ طبيعى از دنيا رفته است.
ب: از آنجا كه برخى از شيعيان معتقد به مهدويت آن حضرت بودند و يا احتمال داشت اعتقاد به مهدويت او پيدا كنند، جسد امام را روى پل بغداد بر زمين نهادند و يحيى بن خالد دستور داد تا فرياد زنند: اين موسى بن جعفر است كه رافضه معتقدند او نمرده است. پس از آن مردم آمده و او را در حالى كه از دنيا رفته بود نگاه كردند. آنگاه جنازه را در «باب التين» بغداد در مقبره قريشى‏ ها دفن كردند.[3]

پي نوشت: ---------------------
[1] . ابوالفرج اصفهاني، مقاتل الطالبيين، ص 336.
[2] . مستوفي، تاريخ گزيده، ص 204.
[3] . اربلي، كشف الغمه، ج2، ص 234.