سید علی میلانی الحقایق پژوهشی است كلامی و روایی در مورد ویژگی‎های امام علی (ع) و اثبات امامت آن حضرت. در این پژوهش ابتدا با استفاده از قواعد عقلی و كلامی اوصافی كه باید در یك شخص جمع شود تا وی را تبدیل به امام مفترض الطاعه و به دور از اشتباه تبدیل كند، بیان شده و سپس این ویژگی‎ها بر امام علی به عنوان امام معصوم پس از پیامبر (ص) منطبق می‏گردد. نگارنده با دلائلی عقلی امامت علی را اثبات نموده و صفاتی مانند علم و دانش، شجاعت و دلیری، عدالت و دادگری را از مهم‎‎ترین اوصاف یك امام برشمرده و همه آنها را در مورد علی اثبات می‏كند و دیدگاه‎های علمای اهل‏سنت را نیز در این زمینه منعكس می‏نماید. وی علی را یك داور دادگر، خانه حكمت و دروازه دانش نبوی معرفی كرده و موارد متعددی از شجاعت و عدالت و علم وی را كه مورد اعتراف مخالفان آن حضرت نیز بوده است را ذكر می‏كند. کتاب در دو بخش نگارش شده که عاوین آن عبارتند از: بخش یکم: ویژگی های امام، بخش دوم: ویژگی های امیر مؤمنان علی (علیه السلام)