در سال 201 هـ ق، يك سال پس از ورود امام رضا(ع) به مرو، حضرت فاطمه معصومه(س) با چهار تن از برادران و گروهى از برادرزادگان به سوى خراسان حركت نمودند و چون اين كاروان كوچك به حوالي ساوه رسيد عدّه اى از دشمنان اهل بيت(ع) به دستور مأمون عبّاسى راه را بر آنان بستند و در يك درگيرى نابرابر همه برادران و تقريباً اكثر مردان همراه كاروان را كه حدود 23 نفر بودند به شهادت رساندند. حضرت معصومه(س) از شدّت رنج و تأثّر روحي بيمار گرديد و بنا بر قولي حضرت را مسموم كردند . چون شب هنگام خبر به مردم قم و آل سعد رسيد، موسي بن خزرج به نمايندگى آنان، در همان هنگام از قم به قصد ساوه حركت كرد تا ايشان را به قم دعوت كند. پس از ديدار حضرت و پذيرفتن دعوت وى، خود زمام مركب ايشان را در دست گرفت و به سوى قم و به منزل و سراى خويش آورد.
در روايت ديگرى آمده است، هنگامى كه حضرت فاطمه معصومه(ع) به شهر ساوه قدم نهاد، از همراهان خود پرسيد؛ مسافت اين جا تا قم چقدر است. پاسخ را گفتند. در اين هنگام به ياد خبرى از پدرش افتاد. لذا فرمود: مرا به قم ببريد كه از پدر بزرگوارم بارها مي شنيدم كه قم مركز شيعيان ماست. بدين ترتيب باقيمانده افراد كاروان به جاى رفتن به «مرو» به جانب قم تغيير مسير داده و در 23 ربيع الاوّل سال 201 هـ ق وارد قم شدند. خبر ورود آن حضرت به قم براى همه مسرّت آفرين و هيجان انگيز بود. بزرگان و ساير مردم، به استقبال آن حضرت آمدند و پروانه وار و مشتاقانه ايشان را در ميان گرفتند. در پيشاپيش آنان شخصيت برجسته شهر، موسى بن خزرج اشعرى حركت نمود و افسار شتر آن حضرت را به دست گرفته و افتخار مي كرد تا آنكه به درخواست او، حضرت در منزلش اقامت نمود.

بيمارى حضرت معصومه(س) كه از غم هجران برادر و شهادت و مظلوميت ديگر برادران و همراهان و يا سمّى كه به ايشان داده شده است، هفده روز ادامه يافت و ايشان بهتر از هركس به حال خود و كوتاهى عمرش آگاه بود، روزهاى آخر عمر را به عبادت و راز و نياز با معبود يگانه مشغول بود .

سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربيع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان در سن 28 سالگي ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند .

 عبادتگاه روزهاى پايانى عمر ايشان، كه هم اكنون به نام «بيت النّور» معروف است ، زيارتگاه شيفتگان اهل بيت(ع) عصمت و طهارت است. از آنجا كه نخستين بار ميرابوالفضل عراقى، مسجدي در كنار بيت النور بنا نمود، آن محله و محوّطه وسيع اطراف آن به «ميدان مير» مشهور گرديده است.

 پس از وفات، پيكر مطهّر و شريف حضرت فاطمه معصومه (س) را غسل داده و كفن كردند و باشكوه فراوان تشييع و در محلّى موسوم به «باغ بابلان» كه اكنون روضه منوره حضرت است به خاك سپردند. در اين كه چه كسى بدن مطهّر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد و ايشان را به خاك سپرد، همه متحير بودند. آل سعد بيش از همه در اين باره با هم گفتگو كردند كه چه كسى را داخل سرداب نمايند تا جنازه خانم را دفن كند. 
پس از تبادل نظر، رأى ايشان بر اين قرار گرفت كه مرد پرهيزكار و خادم بسيار پير ايشان به نام «قادر»، متصدّى دفن شود. چون دنبال آن پير مرد صالح فرستادند، ناگاه دو سواره نقابدار از سوى «رمله» (ريگزار) سمت قبله نمايان شدند و به سرعت نزديك گرديدند و پس از اقامه نماز بر پيكر آن بانوى مكرّمه، يكى از آن دو وارد قبر شد و ديگرى جسد پاك و مطهّر آن صدّيقه را برداشت و به دست او داد تا در دل خاك نهان سازد. آن دو نفر پس از پايان مراسم بدون آن كه با كسى سخن گويند بر اسب هاى خود سوار و از محلّ ناپديد شدند و كسى آن دو نفر را نشناخت. به نظر مى آيد كه آن دو بزرگوار، دو امام و حجّت خداوند بوده اند.

نويسنده كتاب تاريخ قم مي‌نويسد: «پس از وفات فاطمه(عليها السلام) ام ‏محمد دختر موسي رضائيه (ظاهرا موسي مبرقع) وفات يافت. او را در جنب قبر فاطمه (س) دفن كردند و پس از او خواهر وي، ميمونة ابنة الرضا را هم آنجا دفن كردند و قبه بر سر تربت ايشان -متصّل به قبه فاطمه عليها السلام- بنا نهادند. در اين دو قبه شش قبر است:

قبر فاطمه بنت موسي بن جعفر عليهم السلام

قبر ام محمد بنت موسي خواهر محمد بن موسي عليهم السلام

قبر ام اسحاق كنيز محمد بن موسي.

قبر ام حبيب كنيز ابي علي محمد بن احمد بن الرضا عليهم السلام (وي كنيزك مادر ام كلثوم و دختر محمد بوده است).

قبر ام ‏القاسم دختر علي كوكبي

قبر ميمونه دختر موسي و خواهر محمد بن موسي عليهم‏السلام»

منبع:

پايگاه اينترنتي حرم حضرت معصومه(س)

علي اصغر فقيهي، قم در مسير تاريخ، ج3